Sonda je uspešno lansirana sa rakete “Zenit-2” u 00:16 po moskovskom vremenu sa kosmodroma Bajkonur u Kazahstanu. Sonda se 11 minuta kasnije odvojila od rakete i trebalo je da startuje motore na putu ka Marsu, ali paljenje motora nije uspelo
Šef Ruske federalne svemirske agencije Vladimir Popovkin rekao je da se motori nisu upalili na sondi Fobos-Grunt verovatno zbog greške u sistemu za određivanje položaja letilice i da inženjeri imaju tri dana da resetuju kompjuterski program sonde, pre nego što se isprazne akumulatori.